در پی انتشار گزارش‌هایی در مورد تنش و درگیری میان هواداران ملا برادر، معاون نخست‌وزیر امارت طالبان، و خلیل حقانی، وزیر مهاجران افغانستان، و احتمال زخمی یا کشته شدن ملا برادر، تلویزیون ملی افغانستان با ملا برادر مصاحبه کرد.

ملا برادر در این مصاحبه گفت که سالم است و هیچ‌ مشکلی ندارد و در ادامه افزود خبر اختلاف میان آنان دروغ است و آنان با هم صمیمی‌اند. او گفت طالبان با هدف پایان دادن به اشغال افغانستان، قربانی‌ها داده‌ است و طمع کرسی و منصب ندارد.

ملا برادر درباره علت غیبتش در ملاقات با وزیر خارجه قطر توضیح داد: «چون ما در سفر بودیم، امکان نداشت که سفر خود را نیمه‌کاره بگذاریم و برگردیم و با وزیر خارجه (قطر) ملاقات کنیم. اگر خبر ملاقات زودتر به ما می‌رسید، امکان داشت که ما هم با دیگر دوستان در این دیدار حاضر شویم.»

هرچند ملا برادر می‌کوشد اختلاف‌های موجود میان اعضای طالبان را کتمان کند، واقعیت این است که به‌خصوص در میان درانی‌ها و غلجایی‌ها اختلاف‌های زیادی وجود دارد. با سقوط کابل، اعضای شبکه حقانی زودتر از سایر اعضای طالبان خود را به کابل رساندند و شایعاتی مطرح است که بخشی از نیروهای طالبان عضو شبکه حقانی حتی پیش از سقوط کابل، از طریق شبکه‌های داخلی در دولت افغانستان وارد کابل شده بودند.

پس از سقوط کابل، وقتی ملا برادر نفوذ بیش از حد شبکه حقانی در کابل را دریافت، برای کنترل اوضاع به کابل آمد اما دیگر دیر شده بود و شبکه حقانی نفوذ خود را در سراسر کابل گسترش داده بود.

در نشستی که میان رهبران طالبان برگزار شد نیز درباره چگونگی ساختار حکومت طالبان تنش ایجاد شد و ملا برادر و خلیل حقانی با همدیگر جدل کردند. گفته می‌شود هواداران این دو نیز بیرون ارگ ریاست‌جمهوری با هم درگیر شدند. این مسئله با میانجی‌گری ژنرال حمید فیض، رئیس استخبارات پاکستان، تا حدی حل شد اما ملا برادر که بار دیگر خود را بازنده میدان می‌دید، به حالت قهر به قندهار رفت.